De origen fenicio, aunque la región estaba habitada desde el Neolítico, en la época griega se consideraba que era el lugar de nacimiento de la diosa Afrodita, siendo por ello un importante lugar de su culto, así como de las deidades pre-helénicas de la fertilidad. El nombre de Pafos está ligado a la diosa, pues este era el nombre del hijo mitológico de Afrodita y de Pigmalión. En el siglo XII a. C. existía un templo micénico dedicado a la diosa.

A lo largo de la historia ha sido de gran importancia. En la época romana fue la capital de la isla y en la Edad Media sede del arzobispado.

Esta ciudad, mencionada en la Biblia, recibió el cristianismo cuando estuvo San Pablo en Chipre y se embarcó en la misma.

La actual ciudad de Pafos, junto con Palaipaphos (la antigua Pafos), en la actual ciudad de Kouklia, han sido declaradas Patrimonio de la Humanidad por la Unesco en 1980 debido al valor excepcional, tanto histórico como arquitectónico, de los restos de villas, palacios, teatros, fortalezas y tumbas. Sus mosaicos se cuentan entre los más bellos del mundo.